С 1991 по 2014 были установлены памятники художника: Петру I (г. Санкт-Петербург), «Памятник жертвам политических репрессий» (г. Санкт-Петербург), «Архитекторам-первостроителям Санкт-Петербурга» (г. Санкт-Петербург), Сибела – Богиня плодородия (г. Клаверак), Джакомо Казанове (г. Венеция), «Диалог между Платоном и Сократом» (г. Нью-Йорк), Петру Великому (г. Лондон), «Дети – жертвы пороков взрослых» (г. Москва), Анатолию Собчаку (г. Санкт-Петербург), «Царская прогулка» (г. Санкт-Петербург), Владимиру Высоцкому (г. Самара), «Жертвам террора» (г. Владикавказ), «Человек-часы» (г.Щелково. Московская область), «Жертвам забытой войны, изменившей ход истории» (г. Гусев. Калининградская область).
С 1967 года началась театральная деятельность Шемякина с постановки оперы Шостаковича «Нос» в студии Ленинградской консерватории.
В 1990-е годы вместе с клоуном Вячеславом Полуниным художник устраивает шествия и зрелища в Санкт-Петербурге, Москве и Венеции.
С 2001 по 2006 году в Мариинском театре Михаил Шемякин ставит спектакли: «Щелкунчик», «Волшебный орех», три одноактных балета.
В 2007-м Михаил Шемякин организует «Посольство Петра Великого» на площади Сан-Марко в рамках программы Венецианского карнавала.
В 2010-м Михаил Шемякин создает новую версию балета «Коппелия» для Литовского национального театра оперы и балета.
В 2012 году Михаил Шемякин – главный художник Международного военно-музыкального фестиваля «Спасская башня», проходящего в Москве на Красной площади.
В 2015 году в московском театре музыки и драмы Стаса Намина состоялась премьера автобиографической пьесы «Нью-Йорк. 80-е. Мы», которая рассказывает о жизни русских эмигрантов в Америке.
В 1962 году открылась первая выставка М. Шемякина в помещении редакции журнала «Звезда».
В 1989 году состоялась первая выставка работ М. Шемякина в России с момента высылки.
Персональные выставки состоялись во многих странах мира, в том числе в Париже, в Кельне, в Токио, в Осаке, в Вене, в Милане, в Сан-Паулу, в Нью-Йорке, в Сан-Франциско, в Москве и так далее. Всего свыше 160 выставочных проектов с 1962 года, не учитывая экспозиции в Центре Михаила Шемякина. В России за последние десятилетия прошли выставки в более чем 20 городах.
2017 год был объявлен годом Михаила Шемякина в стариннейшем французском городе Лош и сопровождался масштабной программой, связанной с творчеством художника.
В 2018 году проходит крупная ретроспективная выставка в московском музее современного искусства (ММОМА) «Михаил Шемякин. Метафизическая мастерская».
С 2009 года в Центре Михаила Шемякина в Санкт-Петербурге проходят выставки из цикла «Воображаемый музей Михаила Шемякина» («Шар в искусстве», «Образ смерти в искусстве», «Крик в искусстве», «Рука в искусстве» и многие другие), а также последнее десятилетие в ЦМШ проходят выставки, посвященные различным художественным сериям Шемякина, самыми яркими из которых стали: «Доизгнанье», «Две судьбы», «Шемякин–Пикассо–Веласкес. Картины как модели», «Михаила Шемякин. Метасинтез», «Шемякин. Трансформация. Метапоиск», «Щелкунчик Михаила Шемякина. Театр художника», «Форма воска», «Видение капель», «Праздное и тайное. Образы петровской эпохи в работах М. Шемякина», «Симфония цвета», «Михаил Шемякин: взгляд сквозь время».
В период с 1957 по 1971 год Михаил Шемякин создает свои «первые листы» - вырезки из каталогов, афиш, книг, которые лягут в основу будущей научно-исследовательской деятельности Михаила Шемякина.
В 2000 году учрежден «Воображаемый музей Михаила Шемякина» в городе Хадсон, штат Нью-Йорк.
В 2002-2003 гг. Шемякин записывает серию телепередач для российского канала «Культура», посвященных проекту «Воображаемый музей Михаила Шемякина».
В 2002 году в Санкт-Петербурге открывается Фонд художника Михаила Шемякина (Центр Михаила Шемякина).
Начиная с 2009 года дважды в год Михаил Шемякин организует в своем Фонде в Петербурге выставки из цикла «Воображаемый музей Михаила Шемякина. АНТОЛОГИЯ ФОРМ», затем с 2011 года проект регулярно экспонируется в ведущих российских музеях.
В 2013 году Михаил Шемякин принимает курс живописи в Воронежской государственной Академии искусств, который впоследствии будет переведен в Академию им. А.Л. Штиглица в Санкт-Петербурге. В 2019 году курс был завершен дипломными проектами студентов на тему «Трансформация русской иконы».
В 2023 году сотни изображений из Воображаемого музея были оцифрованы и представлены в новом формате - цифровизация проекта положила начало новому этапу в жизни исследования. Также в 2023 году вышла книга «Воображаемый музей Михаила Шемякина. 60 лет исследований», обобщающая накопленный художником исследовательский опыт и систематизирующая темы по времени их создания.
В 2023 году состоялся совместный выставочный проект Центра Михаила Шемякина и Третьяковской галереи «Лестница в искусстве» в Москве.